Hindi, hindi iisa ang teorya sa pinagmulan ng mga Pilipino.May iba’t ibang teorya sa migrasyon gaya ng Wave Migration (Beyer), Core Population/Island Origin (Junkers), at mga Austronesian migration models. Gumagamit ang mga iskolar ng ebidensiyang arkeolohikal, lingguwistiko, at henetiko upang ipaliwanag ang pagdating at pag-usbong ng mga ninuno ng Pilipino.