Ang unang bahagi ng sinaunang kasaysayan ng Timog Silangang Asya ay nagsimula noong Panahon ng Paleolitiko o Lumang Bato mahigit 2.6 milyon taon na ang nakalilipas, kung saan ang mga sinaunang tao ay nanirahan sa rehiyon. Sa paglipas ng panahon, dumating ang Panahon ng Neolitiko o Bagong Bato, kung kailan natutunan ng mga tao ang pagsasaka, pag-aalaga ng hayop, at paggawa ng mga kasangkapan tulad ng palayok. Napalaganap din ang paggalaw ng mga tao mula sa mainland Asia patungo sa mga kapuluan, dala ang kanilang kultura at kaalaman.