Pagbabago sa Patakaran ni Emilio AguinaldoPinirmahan ni Aguinaldo ang Kasunduan ng Biak-na-Bato noong Disyembre 1897, kung saan isinusuko niya ang kanyang gobyerno at itinigil ang digmaan kapalit ng salapi. Lumikas siya papuntang Hong Kong kung saan inayos niya ang isang bagong anyo ng pamahalaan na tinawag niyang Kataas-taasang Konseho ng Bayan.Itinatag niya ang Pamahalaang Rebolusyonaryo ng Pilipinas at pinagtibay ang Malolos Constitution noong Enero 21, 1899, na siyang unang konstitusyon ng bansa. Sa ilalim nito, ipinataw niya na ang pag-aaral sa mababang paaralan ay sapilitan at nagtaguyod ng mga pampublikong institusyon tulad ng Universidad Literaria.Naglabas siya ng mga kautusan para sa pag-aayos ng pamahalaan sa mga lalawigan at bayan kung saan itinatag ang mga halal na sangguniang bayan na binubuo ng iba't ibang lokal na opisyal at mga kinatawan. Layunin nito ang maisulong ang demokratikong pamamahala sa antas lokal.Pinalaya niya ang mga Kastilang bihag bilang tanda ng ganap na kahabagan at pinayagan silang makapaghanapbuhay sa bansa.Nang sumiklab ang Digmaang Pilipino-Amerikano noong 1899, inilipat niya ang punong himpilan ng pamahalaan sa iba't ibang lugar dahil sa pangunguna ng mga Amerikano.Siya rin ang nagdisenyo ng bandila ng Pilipinas at nanguna sa deklarasyon ng kalayaan ng Pilipinas noong Hulyo 12, 1898.Isinantabi niya ang unang punong ministro na si Apolinario Mabini noong Mayo 7, 1899, at bumuo ng panibagong gabinete sa pangunguna ni Pedro Paterno upang makipag-usap sa mga Amerikano kahit matagal na siyang kumontra sa plano ng pakikipagkasundo.