Noong Mayo 10, 1897, si Bonifacio ay natagpuang nagkasala at sinentensiyahan ng kamatayan. Siya at ang kanyang kapatid ay pinatay sa pamamagitan ng pagbaril noong Mayo 10, 1897, sa Maragondon, Cavite.Ang pagpatay kay Bonifacio ay naging isang kontrobersiyal na isyu sa kasaysayan ng Pilipinas, na may ilang mga nagsasabi na siya ay pinatay dahil sa pulitika at hindi dahil sa mga kasong ipinataw sa kanya.