Isang pangunahing dahilan sa pagkakaroon ng Kasunduang Bates ay upang hindi maging hadlang ang mga Muslim sa planong pananakop ng mga Amerikano sa Pilipinas. Nilagdaan ito upang kilalanin ng Sultanato ng Sulu at mga datu nito ang kapangyarihan ng Estados Unidos sa Jolo at hindi pakikialaman ang relihiyon ng mga Muslim habang pinananatili ang kanilang mga karapatan at pribilehiyo. Layunin ng kasunduan na mapanatili ang kapayapaan at maiwasan ang paglaban ng mga Muslim habang nakatuon ang mga Amerikano sa ibang bahagi ng Pilipinas sa digmaan. Gayunpaman, pinawalang-bisa ng mga Amerikano ang kasunduan matapos ang ilang taon dahil sa takot sa impluwensya ng sultan at ang tunay na layunin ng kontrol ng mga Amerikano sa buong Pilipinas.