Ang Kasunduan sa Biak-na-Bato ay hindi lubos na natupad. Ayon sa kasunduan, magbabayad ang Espanya ng malaking halaga ng pera (P800,000) upang itigil ng mga Pilipino ang himagsikan, magbigay amnestiya sa mga rebolusyonaryo, at manirahan si Emilio Aguinaldo at mga kasama sa ibang bansa.Ngunit, iilan lamang ang natanggap na pera ng mga Pilipino at hindi naisulong ng mga Espanyol ang mga reporma na ipinangako. Dahil dito, hindi natigil ang laban; bumalik si Aguinaldo mula sa kanyang pag-exile at itinuloy ang pakikibaka para sa kalayaan kasama ang mga Amerikano.