Ang mga pagbabago sa teritoryo ng Pilipinas sa panahon ng pananakop ay ang mga sumusunod:1. Pagsasama-sama ng mga maliliit na barangay at kaharian - Sa pagdating ng mga Espanyol, tinipon at pinagsama-sama nila ang mga magkakahiwalay na barangay at mga maliliit na kaharian upang maging mas madaling pamahalaan ang mga ito bilang isang kolonya. Ito ang naging simula ng pagbuo ng pormal na teritoryo ng Pilipinas.2. Pagpapalawak ng teritoryo - Ang Espanya ay nagpalawak ng kontrol mula Luzon hanggang Visayas at Mindanao, kahit na hindi nila ganap na nakuha ang buong Mindanao dahil sa matibay na paglaban ng mga Muslim.3. Pagbabago ng mga hangganan at pagbuo ng mga probinsya - Itinatag ng mga Espanyol ang mga lalawigan, bayan, at munisipyo na siyang mga administratibong yunit ng teritoryo. Nagkaroon ng bagong sistema ng pamamahala na nag-ayos sa teritoryo ng Pilipinas.4. Pagpapakilala ng mga bagong pangalan at lugar - Maraming pook ang binigyan ng mga bagong pangalan ayon sa mga Espanyol, lalo na sa mga lugar kung saan sila unang dumating o pumalit ng kontrol.5. Pagkakaroon ng mga simbahan, paaralan, at mga kuta - Nilagyan ng mga istrukturang panrelihiyon, pang-edukasyon, at militar ang mga pangunahing lugar upang mapanatili ang kontrol at impluwensya ng mga Espanyol.