Ang kawalan ng pagkakaisa sa panahon ng himagsikan ay nagkaroon ng malalang implikasyon tulad ng:Pagkatalo ng mga Pilipino sa mga laban dahil sa hindi organisadong pakikibaka at paghahati-hati ng mga lider.Pagkamatay ng maraming Katipunero at pagkasira ng samahan ng rebolusyonaryo.Pagkakaroon ng hidwaan at alitan sa pagitan ng mga grupo, tulad ng pagitan ng mga pangkat ni Andres Bonifacio at Emilio Aguinaldo, na nagpalabo sa layunin ng himagsikan.Pagbagsak ng mga plano para sa mabilis at epektibong paglaya mula sa mga mananakop.Pagkaantala ng pagkamit ng tunay na kalayaan dahil sa kahinaan sa pagkakaisa.