Ang kolonisasyon ng Indonesia ay nagsimula noong ika-16 na siglo nang dumating ang mga Portuges na naghangad na makontrol ang kalakalan ng mga pampalasa sa isla ng Maluku. Sinundan ito ng pagdating ng mga Olandes na nagtatag ng Dutch East India Company noong 1602 at naging pangunahing kolonyal na kapangyarihan sa lugar mula ika-17 siglo hanggang ika-20 siglo. Sa ilalim ng kanilang pamumuno, pinalawak nila ang kontrol sa iba't ibang bahagi ng arkipelago ng Indonesia, gamit ang ekonomiya at militar na kapangyarihan. Nagdulot ito ng pagbabago sa lipunan at ekonomiya, pati na rin ng pagpigil sa mga lokal na lider at kultura.Noong Ikalawang Digmaang Pandaigdig, sinakop ng mga Hapones ang Indonesia, ngunit sa pagtatapos ng digmaan ay nagdeklara ng kalayaan ang bansa noong 1945, na kinilala ng Netherlands noong 1949 pagkatapos ng matagal na digmaang armado at diplomatikong labanan.