Ang pagkakatulad ng Teorya ng Core Population at Teoryang Austronesyano ay pareho silang naglalahad ng pinagmulan ng mga unang tao sa Pilipinas mula sa Timog-Silangang Asya. Pareho rin na tinatalakay nila ang ebolusyon at paglipat ng mga sinaunang tao patungo sa mga pulo ng Pilipinas.Ngunit ang Teorya ng Austronesyano ay nakatuon sa pagkalat ng mga taong nagsasalita ng wikang Austronesyano mula Taiwan at Timog-China patungo sa Pilipinas at iba pang isla gamit ang mga sasakyang dagat, habang ang Teorya ng Core Population ay nagsasabing ang mga unang tao sa Pilipinas ay mula sa isang pangunahing lahi sa Timog-Silangang Asya na unti-unting nag-ebolb at nanirahan dito nang matagal na panahon, nang walang malinaw na migrasyon mula sa Taiwan.