Tatlong di-mabuting dulot ng Himagsikan ay ang mga sumusunod:Pagkawala ng buhay at pagdurusa - Maraming Pilipino ang namatay at nasugatan dahil sa mga labanan laban sa mga Kastila, at kalaunan laban din sa mga Amerikano, na nagdulot ng matinding pagdurusa at pagkawasak ng mga pamilya.Pabago-bagong pamumuno at hidwaan - Nagkaroon ng alitan at pagpapatiwakal sa hanay ng mga rebolusyonaryo tulad ng pagkamatay ni Andres Bonifacio, na nagdulot ng mga hidwaan sa loob ng kilusan at nagpalala ng kawalang-katarungan sa panahon ng rebolusyon.Pansamantalang pagkatalo at kolonisasyon - Bagamat naitaboy ang mga Kastila, napalitan ang kolonisasyon ng mga Amerikano na nagpatuloy sa paghahari sa Pilipinas, kaya hindi agad nakuha ang tunay na kalayaan.