Ang pinakamahalagang nagawa ng Kongreso ng Malolos ay ang pagpapatibay ng kalayaan ng Pilipinas mula sa mga kamay ng Espanyol sa pamamagitan ng pag-apruba sa Proklamasyon ng Kalayaan noong Hunyo 12, 1898, at ang pagbuo at pagpapatibay ng Konstitusyong Malolos, na nagsilbing unang saligang batas ng Pilipinas at nagbigay-daan sa pagkakatatag ng Unang Republika ng Pilipinas.