Ang mga pinuno ng militar ng Republika ng Pilipinas noong unti-unti nang sumuko ay ang mga sumusunod:Emilio Aguinaldo – Pangulo at pinakamataas na pinuno ng militar. Siya ang nagdeklara ng kalayaan at pinamunuan ang mga tropa hanggang sa kanyang pagkahuli noong Marso 1901.Antonio Luna – Isa sa mga pinaka-magaling na heneral ng Republika, kilala sa kanyang disiplina at estratehiya hanggang sa kanyang pagkapatay noong Hunyo 1899.Gregorio del Pilar – Isang batikang heneral na namuno sa depensa ng Republika, kabilang ang Labanan sa Tirad Pass kung saan siya ay namatay nagtanggol kay Aguinaldo.Pio del Pilar – Isa ring kilalang heneral na lumaban sa mga Amerikano hanggang sa pagbagsak ng Republika.Isidoro Torres – Heneral na sumuporta sa mga laban sa gitnang Luzon, gaya ng sa Bulacan.