Ang Kongreso ng Malolos ay may malaking kalagahan sa pagbuo ng bansang Pilipinas dahil ito ang naglatag ng mga pundasyon ng unang Republika ng Pilipinas at ipinakita ang kakayahan ng mga Pilipino na magtatag ng sariling pamahalaan. Ito ang nagpasa at nagpatibay sa Konstitusyon ng Malolos na siyang kauna-unahang saligang batas ng bansa na kumikilala sa kalayaan at mga karapatan ng mga Pilipino. Sa pamamagitan ng kongresong ito, naisulat at naaprubahan ang mga batas na naging batayan ng pamahalaang rebolusyonaryo na pinamunuan ni Emilio Aguinaldo.Bukod dito, ang Kongreso ng Malolos ay nagpatibay ng Proklamasyon ng Kalayaan noong Hunyo 12, 1898, na siyang simbolo ng pagsasarili ng Pilipinas mula sa mga kolonyal na kapangyarihan. Nagbigay din ito ng pagkakataon para mapatibay ang sistema ng edukasyon, gaya ng pagtatatag ng Universidad Literaria de Filipinas bilang unang state university.