Ang Island Origin Hypothesis na ipinaliwanag ni Wilhelm G. Solheim II ay nagsasaad na ang mga ninuno ng mga Pilipino ay nagmula sa mga isla sa paligid ng Timog-Silangang Asya, partikular mula sa mga isla ng Indonesia tulad ng Celebes (ngayon ay Sulawesi) at Sulu, at lumipat patungong Pilipinas, lalo na sa Mindanao. Ayon sa teoryang ito, ang mga unang tao ay bihasa sa pandaragat at paglalayag gamit ang bangka at iba pang sasakyang pandagat.Ipinapaliwanag ng teoryang ito na hindi mula sa mainland ng Asya (kontinente) ang mga Austronesian, kundi nagsimula sila at kumalat mula sa mga isla sa rehiyon (archipelago). Mula sa Pilipinas, nagpatuloy sila sa paglalakbay patungong hilaga hanggang sa Timog Tsina at ibang bahagi ng Asya. Ang migrasyon o paglipat nila ay nangyari dahil sa mga kalagayan gaya ng pagbaba ng antas ng tubig, na nagbigay-daan sa mas madaling paglalayag sa pagitan ng mga pulo.