Ang Timog-Silangang Asya ay binubuo ng mga bansang may maraming pulo o kapuluan. Narito ang mga pangunahing kapuluan sa rehiyon:Kapuluang Pilipinas – binubuo ng mahigit 7,000 isla tulad ng Luzon, Visayas, at Mindanao.Kapuluang Indonesia – pinakamalaking kapuluan sa mundo, may higit 17,000 na isla gaya ng Java, Sumatra, at Borneo (na kahati ng Malaysia at Brunei).Kapuluang Malaysia (bahagi ng Borneo) – Silangang bahagi ng Malaysia ay nasa pulo ng Borneo.Kapuluan ng Brunei – maliit na bansa sa pulo ng Borneo.Kapuluang Silangang Timor (East Timor) – nasa pulo ng Timor kasama ng bahagi ng Indonesia.Ang mga kapuluan sa rehiyong ito ay may mahalagang papel sa kultura, ekonomiya, at kalikasan ng bawat bansa. Dahil sa maraming pulo, may iba’t ibang wika, tradisyon, at likas yaman ang rehiyon.
Ang Timog Silangang Asya ay binubuo ng malalaking kapuluan, kabilang ang Kapuluang Malay, na mayroong mahigit 25,000 na pulo. Ilan sa mga pangunahing pulo dito ay ang Borneo, Java, Luzon, Mindanao, New Guinea, Sulawesi, at Sumatra. Ang rehiyon ay kilala rin sa mga pulo nito na pinag-aagawan tulad ng Kapuluang Spratly, na may mga pulo tulad ng Pulo ng Ligaw (Taiping Island), Pulo ng Pag-asa (Pag-asa Island), Pulo ng Likas (Nanshan Island), at Pulo ng Spratly (Truong Sa Island).