Karaniwan sa mga bundok, kagubatan, dagat, at lugar na may minahan matatagpuan ang likas na yaman ng Indonesia.Mga kagubatan – Sa mga isla ng Kalimantan (Borneo), Sumatra, at Sulawesi, matatagpuan ang malawak na kagubatan na mayaman sa kahoy tulad ng teak at mahogany.Mga kabundukan at bulkan – Sa mga bulubundukin ng Java, Sumatra, at Papua, mayaman ang lupa kaya mainam para sa agrikultura. Mayroon ding deposito ng mga mineral gaya ng ginto, tanso, at nikel.Mga baybayin at dagat – Sa paligid ng archipelago o kapuluan, sagana sa likas na yaman ng dagat gaya ng isda, perlas, at langis (oil reserves sa ilalim ng dagat).Mga minahan – Sa Papua (Freeport mine), matatagpuan ang isa sa pinakamalaking minahan ng ginto at tanso sa buong mundo.