Ang base pair rule ay nagsasaad na sa DNA, ang adenine (A) ay laging katambal ng thymine (T), at ang guanine (G) ay laging katambal ng cytosine (C). Ganito rin sa RNA maliban sa A:U pair dahil pinapalitan ng uracil ang thymine. Ang rule na ito ay mahalaga sa tamang pag-transmit ng genetic code.