Ang hydrogen bond ay isang uri ng mahinang pwersa ng attraction sa pagitan ng hydrogen at iba pang electronegative atoms. Sa DNA, ang hydrogen bonds ang nagdudugtong sa base pairs (A-T at G-C), na siyang nagpapalakas at nagpapatatag sa double helix structure habang pinapayagan din ang madaling paghihiwalay ng strands para sa replication.