Ang nag-alsa dahil hindi siya pinayagang magtayo ng bagong relihiyon ay si Apolinario de la Cruz, na mas kilala bilang Hermano Pule. Noong 1840s sa Tayabas (ngayon ay Quezon), nagtatag si Hermano Pule ng isang relihiyosong samahan na tinawag na Confradia de San José, ngunit tinanggihan ito ng Simbahang Katolika dahil hindi siya isang pari at dahil ang mga kasapi ng samahan ay puro mga Pilipino, na noon ay pinagbabawalan magkaroon ng ganap na kalayaan sa relihiyon.Dahil sa pagtanggi at diskriminasyon, nag-alsa si Hermano Pule laban sa mga kolonyal na awtoridad ng Espanya noong 1841. Sa kasamaang-palad, natalo ang kanyang kilusan, at siya ay binitay ng mga Espanyol.