Ang mga pag-aalsa ng mga Pilipino laban sa mga Espanyol noong panahon ng kolonyalismo ay dulot ng iba't ibang salik na may kinalaman sa pulitika, ekonomiya, at relihiyon. Ilan sa mga pangunahing dahilan ay ang mga sumusunod:1. Pang-aabuso ng mga Espanyol - Maraming Pilipino ang nakaranas ng pang-aabuso mula sa mga Espanyol, kabilang ang sapilitang paggawa (polo y servicios) at pagkuha ng mga produkto o serbisyo nang walang sapat na bayad (bandala). Ang mga abusadong opisyal ng gobyerno at simbahan ay lalong nagpabigat sa sitwasyon ng mga Pilipino.2. Pag-aagaw ng Lupa - Maraming lupaing pag-aari ng mga katutubo ang inokupa o inangkin ng mga prayle at mga Espanyol. Naging malaking problema ito para sa mga magsasakang Pilipino, na nawala ang kanilang kabuhayan dahil sa mga hacienda o malalaking lupain na inangkin ng mga dayuhan.3. Diskriminasyon - Ang mga Pilipino ay itinuring na mga mamamayang ikalawang uri sa ilalim ng pamamahala ng mga Espanyol. Ang sistemang encomienda at ang pagtrato sa mga katutubo bilang mga indio ay nagdulot ng matinding diskriminasyon sa kanila.4. Pagpapataw ng Mabibigat na Buwis - Ang mga Pilipino ay pinatawan ng mga mabibigat na buwis na nagpahirap sa kanilang kabuhayan. Marami rin ang napilitang magbayad ng tributo at iba pang anyo ng sapilitang kontribusyon.5. Pagbabago sa Paniniwala at Tradisyon - Ang mga Espanyol ay nagpataw ng Kristiyanismo sa mga Pilipino, na nagdulot ng pagtutol mula sa mga grupong hindi nais talikuran ang kanilang tradisyonal na relihiyon at kultura. Ang sapilitang pagpapalit ng relihiyon ay naging dahilan din ng mga pag-aalsa.6. Pagnanais ng Kalayaan - Ang mga Pilipino ay naghangad ng kalayaan mula sa pananakop ng Espanya. Ang ilan sa mga pag-aalsa ay nagmula sa masidhing pagnanasa ng mga lokal na pinuno at mga mamamayan na makalaya mula sa kolonyal na paghahari.Ang mga dahilan na ito ay nagpalala ng galit at hindi pagkakontento ng mga Pilipino, na naging sanhi ng maraming pag-aalsa sa iba't ibang bahagi ng bansa sa ilalim ng pamamahala ng Espanya.
Maraming pangunahing dahilan ng pag-aalsa ng mga Pilipino laban sa mga Espanyol noong panahon ng kolonyalismo. 1. Pang-aabuso at Pagsasamantala Malupit na sistema ng polo y servicioAng sapilitang paggawa ng mga Pilipino para sa mga Espanyol ay isang malaking pinagmumulan ng sama ng loob. Ang mga Pilipino ay pinagtatrabaho nang walang bayad at sa ilalim ng mapang-abusong kondisyon.Pagpataw ng mabibigat na buwisAng mga Pilipino ay pinagbabayaran ng mabibigat na buwis na kadalasan ay hindi nila kayang bayaran, na nagdulot ng kahirapan at paghihirap.Pagsasamantala sa mga likas na yamanAng mga Espanyol ay nagsasamantala sa mga likas na yaman ng Pilipinas para sa kanilang sariling kapakanan, na nagdulot ng pagkasira ng kapaligiran at pagkawala ng mga oportunidad para sa mga Pilipino.Diskriminasyon at kawalan ng pantay na karapatan.Ang mga Pilipino ay itinuring na mga mamamayan na pangalawa sa mga Espanyol, at hindi binigyan ng pantay na karapatan at oportunidad. 2. Pananampalataya at Kultura Paglabag sa mga kaugalian at tradisyonAng pagpapatupad ng relihiyong Katoliko ay nagdulot ng paglabag sa mga tradisyonal na paniniwala at kaugalian ng mga Pilipino.Paggamit ng relihiyon para sa pagsasamantalaAng mga prayle ay nagsasamantala sa kanilang kapangyarihan upang magkamal ng kayamanan at impluwensiya. 3. Pulitikal na Dahilan Kawalan ng representasyonAng mga Pilipino ay walang representasyon sa pamahalaan ng Espanya, kaya hindi nila maipahayag ang kanilang mga hinaing at pangangailangan.Pagnanais ng kalayaanAng pagnanais ng mga Pilipino na makamit ang kalayaan at pagsasarili ay isa sa mga pangunahing dahilan ng mga pag-aalsa. Ang mga pag-aalsa ay hindi naganap nang sabay-sabay, kundi sa iba't ibang panahon at lugar sa Pilipinas. Ang mga dahilan ay magkakaugnay at nag-iiba-iba depende sa partikular na pag-aalsa. Ang mga pag-aalsa ay nagpapakita ng paglaban ng mga Pilipino sa kolonyal na pananakop at ang kanilang pagnanais para sa isang mas makatarungan at malayang buhay.