Inilihim ang Kilusang Katipunan dahil nais nilang maiwasan ang pagtuklas ng mga Espanyol. Kung nalaman ng mga Espanyol ang tungkol sa Katipunan, maaari silang magsagawa ng mga pag-aresto at pagpatay sa mga kasapi nito. Nais din nilang maprotektahan ang mga kasapi mula sa pag-uusig at pag-uusig ng mga awtoridad. Sa pamamagitan ng pagiging lihim, nagkaroon sila ng pagkakataong magplano at magsagawa ng mga kilos ng paglaban nang hindi natuklasan.